La Universidad Andina Simón Bolívar se estableció en el Ecuador en 1992. En ese año la Universidad suscribió un convenio de Sede con el Gobierno del Ecuador, representado por el Ministerio de Relaciones Exteriores, que ratifica su carácter de organismo académico internacional y le concede los correspondientes privilegios e inmunidades. En 1992 también celebró un convenio de cooperación con el Ministerio de Educación. En 1997 el Congreso Nacional, mediante ley, incorporó a la Universidad al sistema de educación superior del país. La Constitución del Ecuador y la Ley de Educación Superior vigentes reconocen el estatus jurídico de la Universidad.
En 1993 la Universidad inició sus cursos de posgrado. En 1995 se graduaron las primeras promociones. En 1996 se inauguró el primer edificio de su campus en Quito. En 2000 inició los programas de doctorado. En 2010 recibió en Lima, en la sede de la CAN, el certificado de “universidad de calidad y excelencia” de la Comisión Andina de Evaluación y Acreditación, siendo la primera institución internacionalmente acreditada del Ecuador. En 2013 comenzó el primer posdoctorado. En el año 2020 fue nuevamente acreditada a nivel nacional.
