La Universidad Central del Ecuador tuvo su origen en la Bula Papal del 20 de agosto de 1586, mediante la cual el Papa Sixto V dispuso la creación de la Universidad de San Fulgencio, en la ciudad de Quito.
La Universidad Central del Ecuador, es la universidad más antigua y la segunda más grande por número de estudiantes de la República del Ecuador. Se ubica en el centro-norte de la ciudad de Quito, en la llamada ciudadela universitaria, además cuenta con sede en las Islas Galápagos y Santo Domingo. Afiliada desde 2012 a la Red Ecuatoriana de Universidades para Investigación y Postgrados.
Sus orígenes se remontan a la Universidad Central de Quito. La cual se originó de la unión de las Universidades: San Gregorio Magno fundada en 1620 por los Jesuitas y la Santo Tomás de Aquino, fundada en 1688 por los Dominicos.
En 1767 los Jesuitas son expulsados de los dominios españoles en América y la Universidad San Gregorio es asumida por la Universidad Santo Tomás de Aquino. En 1788 mediante una Ley de Educación la Universidad Santo Tomás pasa a ser del Estado y cambia su nombre por Real y Pública Universidad Santo Tomás de Aquino. En el año 1826, mediante decreto de Simón Bolívar cambia a Universidad Central de Quito y posteriormente con decreto del presidente Vicente Rocafuerte se cambió la palabra Quito, por Ecuador y surgió como la Universidad Central del Ecuador (UCE).